Ekstrakter fra planter med et højt indhold af proteolytiske enzymer har været brugt i lang tid indenfor traditionel medicin. Foruden proteolytiske enzymer fra planter, bruger moderne medicin også pancreas enzymer. Den terapeutiske brug af proteolytiske enzymer er delvis baseret på videnskabelige studier.
Kliniske studier af brugen af proteolytiske enzymer inden for kræftbehandlingen, er for det meste blevet udført med en kombination af papain, trypsin og chymotrypsin. Konklusionerne af disse undersøgelser viste at enzym terapi kan reducere bivirkningerne ved stråling og kemoterapi. Der er også beviser på, at ved nogle kræftformer, forlænges overlevelsen.
Ifølge én teori, er allergier udløst af delvist uoptaget proteiner, mens proteolytiske enzymer reducerer de allergiske symptomer. Begrænsede videnskabelige teorier støtter denne teori.
Proteolytiske enzymer som f.eks. trypsin, chymotrypsin og bromelain bliver delvist optaget i kroppen. Når de er absorberet har de en anti-inflammatorisk effekt og kan måske demonstrere en anti-tumor effekt. Proteolytiske enzymer kan sandsynligvis også styrke immunsystemet, f. eks. til personer med herpes zoster, dog er der kun forsket lidt i dette område.